Du sprichst es an: Handwerk als Zunft, in dessen Rahmen sich Papa Bach bewegte und sich wohl auch als Handwerker selbst verstand.
Erst mit Aufkeimen der Aufklärung, so lehrte man uns damals, entstand das Selbstverständnis des Künstlers, der Kunst allgemein, eben nicht mehr zwingend als Handwerk.
Als der "Herr Papa" in Leipzig wirkte, war die Aufklärung schon gut hundert Jahre alt (z.B. Gründung der Academie francaise in 1635). Ich verstehe nicht, weshalb man unbedingt diese grosse Transition zwischen Sr. und Jr. herbeischreiben will? Weder war J.S. Bach in seinem eigenen Verständnis ein "gewöhnlicher Handwerker" noch hat er schablonenhaft die Affektenlehre befolgt. Atonale Abschnitte gibt es bei J.S. Bach auch zahlreiche - man denke etwa an die h-Moll fuge des WTKI. Durchführungen des Themenmaterials findet man in einer gewissen Form auch schon in J.S. Bachs Instrumentalmusik, etwa im E-Dur Violinkonzert - das, ganz im Sinne der Aufklärung, in bürgerlichen Zirkeln, nämlich dem Café Zimmermann, aufgeführt wurde. Interkonfessionelle Werke wie die h-Moll Messe sind ebenso von der Aufklärung beeinflusst wie etwa Händels Darstellung des Solomon im gleichnamigen Oratorium. Es gibt leider in diesem Forum immer wieder eine gewisse Tendenz, J.S. Bach als hoffnungslos verkalkten Tattergreis darzustellen, der restlos in der alten Zeit steckte. CPE Bach war nun einmal als Sohn J.S. Bachs definitionsgemäss eine Generation jünger. Klar, dass es da zu stilistischen Unterschieden kommt. Diese muss man aber nicht auf Teufel komm raus überbetonen.